La Copa Intercontinental se jugó el 17 de diciembre de 1989. El A. C. Milan encontró en Nacional un rival muy fuerte. El 20 de diciembre de 2014, Falcao hizo su regreso por primera vez y marcó un gol en el segundo tiempo en el empate 1-1 con el Aston Villa. SE REANUDA EL JUEGOOOOOOOO, ARRANCA EL SEGUNDO ASALTO. El segundo partido contra Emelec, en Guayaquil terminó también 1-1. El tercer partido del grupo, contra Dep. Disputó la final de Copa Libertadores frente al Gremio de Porto Alegre de Brasil, en donde cayó 3-1 en el partido de ida jugado en Brasil. Junior ganó, se coronó campeón y DIM volvía a la Libertadores. En la última fecha: Nacional se enfrentaba a su compañero de plaza (quedó 0-1 a favor del DIM). Aun así, se las ingenió para que, con su habilidad técnica, segunda equipacion atletico de madrid el juez del encuentro Carlos Amarilla amonestara a los dos centrales argentinos por reiteradas faltas en contra del jugador salteño.
Brendan Rodgers, técnico de Liverpool, volvió a reiterar que no venderían al jugador, pero que, si algún club pagaba los 47 millones de euros pedidos, Suárez posiblemente abandonaría Anfield. «Convierten a Peñarol en «museo vivo» con 3 millones de euros». El Málaga percibió de la UEFA 32 millones de euros tras su exitosa campaña en este torneo europeo. El lema del Málaga C.F. Atlético Nacional se convirtió, con esta conquista, en el primer equipo conformado únicamente por jugadores colombianos campeón del fútbol local, todos los demás, incluido el Verde Paisa, habían tenido -desde 1948- al menos un extranjero en su plantel. En el torneo local, que sólo duró 4 meses, ocupó el tercer lugar. En el ámbito local, Nacional tuvo una buena semifinal, pero en el cuadrangular final se cayó. En el primer partido, el 10 de mayo, en Montevideo, terminó 0-0. El de vuelta, el 17 de mayo, terminó 6-0 a favor de los colombianos, clasificando a la final. Además, como campeón de la Libertadores, tenía el derecho de disputar la Recopa Sudamericana frente a Boca Juniors, campeón de la Supercopa de 1989; el marcador fue 1-0 a favor del equipo argentino.
37 goles a favor y sólo diez en contra repartidos en ocho encuentros porque en 12 el Atlético dejó su meta a cero. El 19 de noviembre, se jugó el derby de Madrid con un gran partido de Ronaldo, anotando 3 goles. El primer partido de la final, se jugó en el Estadio Defensores del Chaco en Asunción, Paraguay, frente al Olimpia el 24 de mayo. Jugando en Miami y San Cristóbal, Venezuela por la sanción de la Confederación Sudamericana de Fútbol, eliminando al América y pudiendo llegar a semifinales con el Olimpia. Avanzó nuevamente a las semifinales de la Copa Libertadores y fue otra vez eliminado por Olimpia de Paraguay. La Copa Interamericana se realizaba un año después entre el ganador de la Copa Libertadores de América y el ganador de la Copa de Campeones de la CONCACAF. Llegó el año 1995 y Nacional volvía a la Copa Libertadores, tras un año de ausencia.
Como el equipo había puesto todas sus energías en la Copa Libertadores, tuvo que jugar el campeonato con una nómina mixta, sin embargo ocupó la sexta casilla en el Apertura. En 1992, disputó la Copa Libertadores, pasando sin problemas la primera ronda enfrentándose al Sport Boys y Sporting Cristal de Perú, y al América de Cali, con el que cayó 2-0 en Cali, pero al cual venció 3-0 en Medellín. El terreno fue adquirido por una empresa que lo tuvo más de 15 años cerrado y en pleno estado de abandono. El club se mantiene desde 1944 en ella, conformando un registro de permanencia de 79 temporadas consecutivas, siendo así el club con más años en primera (por detrás de Boca Juniors). Costeños y paisas sacaron de los dos puestos de honor a Nacional y América, quienes llevaban tres temporadas repartiéndoselos. Millonarios ganó el grupo, con 10 puntos, seguido de Atlético Nacional con 7 y tercero Deportivo Quito con 4 puntos, clasificándose estos tres a octavos de final.
Este equipo, entrenado por Josu Uribe, consigue realizar una estupenda segunda vuelta de campeonato consiguiendo luchar en la última jornada por una de las tres plazas que daban derecho al ascenso a Primera División contra el Levante U.D., C.D. En el partido de vuelta jugado en El Campín, terminó con empate a un gol y nuevamente venció a los azules en los cuartos de final del certamen continental. Jugó en el partido inaugural de la fase de grupos, una victoria de 3-1 contra Ecuador el 1 de julio de 1999. Fue reemplazado en el minuto 90 por Diego Cagna. El conjunto colombiano forzó al equipo italiano a un extratiempo prolongado al máximo, hasta el tiro libre cobrado por Alberigo Evani al minuto 119 que le dio la victoria al equipo italiano. Luego en cuartos de final, el verdolaga se volvió a encontrar con Millonarios F. C. y volvió a tomar revancha tras la primera ronda (igual que en la Copa de 1989), derrotándolo por 2-1 en el Estadio Atanasio Girardot.