Poco antes de finalizar la guerra, en los primeros meses de 1939, se jugó el Campeonato Regional de Guipúzcoa, ya con carácter oficial, en el que el Donostia FC fue subcampeón y obtuvo su clasificación para el Torneo Nacional de Fútbol, que organizaron las autoridades ganadoras del conflicto en los primeros meses de posguerra y donde el Donostia fue eliminado por el futuro subcampeón, Racing de Ferrol, en cuartos de final.
