Finalizada la guerra fue ascendido a teniente general, al ser restablecido este rango anteriormente suprimido por la República. En su virtud, convirtiendo a los leales a la República en traidores (o «la Justicia al revés», en palabras de Serrano Suñer), el general se hizo con la fuente de toda legitimidad. Gobierno del Estado (función suficientemente explícita en los sistemas democráticos de gobierno) que llevaba aparejada la de general en jefe de los ejércitos («generalísimo» en la hipérbole retórica fascista). Aunque era propio de la donosura del general sus frecuentes invitaciones a una copa, se cuenta que en aquellos años ya no probaba el vino por padecer una afección hepática. En calidad de tal, Franco había instalado transitoriamente su cuartel general aparte en Sevilla en el requisado Palacio de Yanduri donde, aun hoy, hay una placa conmemorativa. Los generales de división Queipo de Llano y Franco no fueron incorporados a la Junta de Defensa Nacional desde el primer momento, lo que permitió maniobrar a Mola.
Queipo prohibió tomar fotografías en todo el territorio sublevado, bajo pena de muerte. En la región bajo su mando utilizó la misma violencia higiénica que en los barrios sevillanos, por lo que durante muchos años ha sido recordado con espanto por camisetas de equipos de futbol el imaginario colectivo andaluz. En enero de 1937 dirigió las operaciones de la ocupación de Málaga con la ayuda de tropas italianas fascistas mecanizadas al mando del general Roatta, que concluyó con una de las mayores matanzas de civiles de toda la guerra. En 2006 Mediapro se incorporó a la compra de los derechos televisivos del fútbol, y esto condicionó su integración a Audiovisual Sport. Esto ha conducido a cierta polémica, ya que para el deportista profesional puede llegar a ser más importante el dinero o la fama que el propio acto deportivo en sí. Franco, ya jefe supremo, poco acostumbrado a que no se contara con él en todas las decisiones.
Pero la implacable crueldad de Queipo se había vuelto contra él en lo tocante a su propia familia, camiseta atletico de madrid que en parte había quedado aislada en Málaga. Los generales Cabanellas y Queipo de Llano tenían más antigüedad que el general Franco. En su transcurso habían muerto los generales Sanjurjo, Mola y Cabanellas. Por qué el general Queipo de Llano no se opuso en la reunión de Salamanca (junto a Cabanellas siendo los de mayor antigüedad) al nombramiento de Francisco Franco como Generalísimo. Cabe destacar la magnánima descripción de su clemencia, en el pequeño patio de la División, para con los 200 guardias de asalto tomados prisioneros y condenados inmediatamente a muerte, descrita con sencillez castrense por el mismo Queipo en sus memorias. La autoridad de Queipo en Andalucía tras la conquista de Málaga no solo había aumentado, sino que se hacía más autónoma. Pese a que el fútbol español estaba profesionalizado desde el nacimiento de la competición, no fue hasta la temporada 1984-85 cuando la Primera División Española entró en una nueva reestructuración. La frase clave escondería el acrónimo «Camaradas Arriba Falange Española», grito usado tras los fusilamientos llevados a cabo por los milicianos de la Falange Española.
Queipo, en conversación telefónica, habría dicho la frase clave «dadle café, mucho café». Usando el tiro de piezas de artillería contra los edificios civiles (Hotel Inglaterra, Telefónica, Gobierno Civil) los militares sublevados consiguen la rendición del gobernador civil y la toma del Edificio Telefónica, situada en la plaza Nueva. Sevilla en los días siguientes por el Tercio y los Regulares llegados de Cádiz se produce por el empleo indiscriminado de la artillería y del salvaje terror africanista en los barrios que resistían. Fingiéndose leales a la República, y mediante otros engaños, los oficiales del Regimiento de Artillería 3.º Ligero proveen a los demás facciosos de medios para hacerse con el control del centro de Sevilla. Se creían con más derechos que los falangistas u otros advenedizos. «enchufista» , «Canallero» (por Largo Caballero), entre otros muchos. Andalucía del plan represivo maestro llamado técnicamente por los historiadores limpieza política. Se puede considerar como primer himno del Hércules, un cuplé de 1933, titulado «Hércules F.C.» Los autores de la letra fueron Manolo Pacheco y Agustín Rodrigo, la música del maestro Alonso.