La primera década del siglo XXI comenzó con Peñarol ubicándose subcampeón del Campeonato Uruguayo, tras perder en la final del torneo frente a Nacional, equipacion del atletico de madrid mientras jugadores de ambas instituciones permanecían en prisión luego de una pelea en el clásico del Clausura. En las dos temporadas siguientes, pese a realizar buenas presentaciones, Peñarol no consiguió acceder a la final del Campeonato Uruguayo, finalizando en la segunda posición de los torneos Apertura 2001, Apertura 2002 y Clausura 2002. A nivel dirigencial, durante este período se destacó la inauguración oficial del Museo del club el 28 de septiembre de 2001. En el año 2003, bajo la conducción técnica de Diego Aguirre y con un plantel en el que destacaban el delantero Carlos Bueno y el arquero paraguayo José Luis Chilavert, camiseta atletico de madrid 2024 Peñarol volvió a adjudicarse el Campeonato Uruguayo luego de superar a Nacional por 1-0 el 4 de diciembre de 2003 en el camisetas atletico de madrid Centenario.
